Die Stadt Flensburg kaufte die Mürwiker Ziegelei und ebenso den angrenzenden Osbeck-Hof, der auch einem Zweig der Familie Iwersen gehörte, um das Land verabredungsgemäß dem Deutschen Reich zu schenken, damit auf diesem Gelände die Marineschule gebaut werden konnte.
Der Magistrat der Stadt Flensburg bot am 9. Mai 1905 ein 15 ha großes Gelände im fast unbesiedelten Mürwik kostenlos unter der Bedingung an, dass die Marineschule bis zum 1. April 1909 dorthin verlegt werden würde. Die Marine stimmte zu und kaufte 2 ha hinzu. Die Marineschule Mürwik wurde schließlich ab 1907 als Ersatz für die Marineakademie und -schule Kiel gebaut. Nur drei Jahre später, am 3. Oktober 1910 konnte der Ausbildungsbetrieb der neu errichteten Schule beginnen.
Während des Zweiten Weltkrieges blieb die in den Jahren 1907 bis 1910 erbaute Marineschule Mürwik bei den Luftangriffen auf Flensburg unbeschädigt. Zum Ende des Krieges gehörten große Teile des Hauptgebäudes zum Marinelazarett Flensburg-Mürwik.
Nach dem Weltkrieg wurde die Schule zunächst als Teil des Marinelazarettes, dann als Pädagogische Hochschule (PH) und als Zollschule genutzt. Die erwähnte PH zog später zum Volkspark um. In den 1990er Jahren entwickelte sich die PH zur Flensburger Universität. Sie liegt heute beim Sandberg.
Von 1950 bis 1956 befand sich in einem großen Teil der Marineschule die besagte Zollschule Flensburg, die im Jahr 1938 in Flensburg eingerichtet worden war. 1956 benötigte die Marine das Gebäude wieder und die Zollschule verließ Flensburg. Die Innerdeutsche Grenze hatte an Bedeutung gewonnen und der Kalte Krieg hatte begonnen.
Die Torwache der Marineschule Mürwik befindet sich im Stadtteil Flensburg-Mürwik am Ende der Kelmstraße und dient der Kontrolle der Hauptzufahrtsstraße zur Marineschule Mürwik. Zusammen mit dem Wachturm und der Begrenzungsmauer gehört sie zu den Kulturdenkmalen des Stadtteils Mürwik.
An der südlichen Grundstücksgrenze beim Vorburgbereich mit dem Marinelazarett Flensburg-Mürwik wurde 1911/1912 die Torwache errichtet. Insbesondere ihr runder Wachturm zeigt einen deutlichen Bezug zur Ordensburg Marienburg im Osten. Das Fußgängertor, neben dem breiten Eingangstor auf der Straße, besteht aus einem fialengekrönten Treppengiebelmauerwerk. Der direkt dahinterliegende Anbau mit dem Arkadendurchgang wurde erst später im Jahr 1927 hinzugefügt, fügt sich aber vollständig ein.
Dem acht Meter hohen Wachturm schließt sich eine hohe Backsteinmauer mit Zwischenpfeilern an, die nach oben hin mit Dachziegeln abgeschlossen ist, wie dies auch beim Überrest der Flensburger Stadtmauer in der Flensburger Innenstadt bei der Nikolaikirche der Fall ist. Die aber aufwendigere Dachziegelgestaltung der Begrenzungsmauer in Mürwik orientiert sich jedoch ebenfalls an der Gestaltung der Marienburg. Der Ausbau dieser Begrenzungsmauer mit klarer Burgmaueroptik ist in diesem Bereich der Marineschule am stärksten fortgeschritten. Weitere angedachte Entwürfe zur Erweiterung der Marineschule zeigen eine durchgehende Burgmauer zur Wasserseite, die an den Randbereichen vom Wasser weg, wehrhaft erhöht sein sollte. Auf Grund der Entwürfe ist anzunehmen, dass die Burgmauer das gesamte Areal umschließen sollte. Doch heute umschließen das restliche Gebiet nur transparente Drahtzäune und optisch anders gestaltetes Mauerwerk. Direkt hinter der Mauer bei der Torwache befinden sich seit Jahrzehnten Garagen. Wie lange die MSM-Garagen schon bestehen ist unklar. Sie bestanden aber zumindest schon in den 1950er Jahren, denn sie wurden schon von der Zollschule Flensburg genutzt.
Die Kommandeursvilla in Flensburg-Mürwik wurde als Teil der Marineschule Mürwik zwischen 1907 und 1910 errichtet. Sie beherbergt heute das Wehrgeschichtliche Ausbildungszentrum (WGAZ). Die Villa ist eines der Kulturdenkmale des Stadtteils.
Die Kommandeursvilla wurde wie die restliche Anlage nach den Plänen des Architekten Adalbert Kelm errichtet. Sie erhielt die Adresse Kelmstraße 33. Das Gebäude besteht aus zwei Geschossen sowie einem über ihnen liegende Dachgeschoss wie auch einem Kellergeschoss unter ihnen. Auf der Ost- und Westseite befinden sich jeweils Stufengiebel. Der westliche ist mit Fialen geschmückt. Auf der Westseite befindet sich ein Loggienanbau mit Söller. Auf der Ostseite befindet sich eine zweite Loggia im Obergeschoss. Auf dieser Seite befindet sich außerdem der Treppenturm der Kommandeursvilla. Die benachbarte Chefarztvilla des Marinelazarettes besitzt eine leichte Ähnlichkeit mit der Kommandeursvilla, ist jedoch baulich schlichter als diese gehalten.
Im Inneren bietet die Kommandeursvilla eine Fläche von 850 m². In der Eingangshalle befindet sich eine hölzerne Treppe, welche die Stockwerke verbindet. Die Pfosten des Geländers sind mit Tierköpfen geschmückt, die Galionsfiguren von Wikingerschiffen nachempfunden sind. Die Hallenfenster sind prunkvoll verglast. Die Türen besitzen beschnitzte Rahmungen und Füllungen. In der Villa ebenfalls zu finden ist ein repräsentativer Speiseraum, der den Namen Kaisersaal trägt.
Die Villa diente zunächst als Wohnhaus des jeweiligen Kommandeurs und seiner Familie sowie deren Personal. Zum Ende des Zweiten Weltkrieges war seit dem 12. Mai 1945 Karl Dönitz, das letzte Staatsoberhaupt des Deutschen Reichs, als Gast des Kommandeurs Wolfgang Lüth in der Villa untergebracht. Zuvor hatte er am 3. Mai auf dem Wohnschiff Patria Quartier bezogen, musste es aber am 12. Mai räumen, denn die eingetroffene Alliierte Überwachungskommission für das Oberkommando der Wehrmacht und der Marine bezog am besagten Tag anstelle von Dönitz das Wohnschiff. Einen Tag später, in der Nacht vom 13. zum 14. Mai, wurde der Kommandeur durch einen deutschen Wachposten erschossen. Am 23. Mai wurde die Regierung Dönitz bei der Marinesportschule verhaftet. Dönitz wurde die Verhaftung auf der Patria mitgeteilt. Er begab sich danach zur Kommandeursvilla, um seine zuvor gepackten Koffer zu holen. Es wurde ihm jedoch nur ein Koffer für die Gefangenschaft gewährt.
Am 7. August 1956 bezog die Bundesmarine das Gelände der Marineschule Mürwik und übernahm in dieser Zeit offenbar auch die Kommandeursvilla. 27 Jahre lang stand die Kommandeursvilla dann leer, bis sie dann Ende der 1980er Jahre restauriert wurde.
1991 wurde in der Kommandeursvilla das Wehrgeschichtliche Ausbildungszentrum der Marineschule Mürwik eingerichtet. Der mit modernster Technik ausgestattete Kaisersaal dient heutzutage als Tagungs-, Vortrags- und Unterrichtsraum. Der Großteil der restlichen Räume beherbergt die museale Lehrsammlung. Diese Sammlung entstand zum Teil mit Hilfe von Geld- und Sachspenden, Schenkungen und Leihgaben. Seit 1986 besteht der Freundeskreis Marineschule Mürwik, Gemeinnützige Fördervereinigung des Wehrgeschichtlichen Ausbildungszentrums e.V., der dabei hilft, die Sammlung zu erhalten und auszubauen. Die Ausstellung befasst sich mit Marinegeschichte, insbesondere der deutschen Marinegeschichte. Sie beherbergt über 10.000 Exponate bestehend aus: Bildern in Form von Zeichnungen, Gemälden und Fotos sowie verschiedenen Quelltexten, Urkunden, Seekarten. Sie beherbergt zudem Flaggen, Uniformen, Medaillen, Orden und Ehrenzeichen sowie Schiffsmodelle, Schiffswappen und weitere maritime Gegenstände. In der Villa kann nur ein Drittel des vorhandenen Materials ausgestellt werden. Im Hauptgebäude der Marineschule besteht deshalb zusätzlich noch eine Lagerfläche von 250 Quadratmeter.
Das WGAZ führt zudem die sogenannte Bolzenakte.
Die Villa mit der Wehrgeschichtlichen Ausstellung der Marineschule Mürwik ist eingeschränkt für die Öffentlichkeit geöffnet. An Tagen der Offenen Tür der Marineschule, die zumeist mehrfach im Jahr stattfinden, ist das WGAZ gewöhnlich geöffnet. Auch an Tagen des offenen Denkmals hat das kleine Museum zusammen mit der Marineschule gewöhnlich für die Öffentlichkeit geöffnet. Gleiches gilt für den Tag der Bundeswehr.
Die Aula wurde von Adalbert Kelm zeitgleich mit dem Bau der Schule geplant und ausgeführt. Die Decke der Aula beherbergt die 26 Wappen der Bundesstaaten des ehemaligen Kaiserreichs. Gemäß der damaligen Verfassung waren die Landstreitkräfte Ländersache, während die "kaiserliche" Marine allein vom Reich getragen wurde. Kelm wollte in diesem Kontext mit der Deckengestaltung auf die Einheit des Reiches verweisen. Der Reichsadler im Zentrum der Decke blickt ungewöhnlicherweise, vom Betrachter aus gesehen, nach rechts, damit aber auch zur Wasserseite mit der Flensburger Förde. Die Aula der Marineschule Mürwik wird zurzeit in Teilen neu gestaltet. Sie soll zukünftig auch die jüngste Geschichte der Deutschen Marine widerspiegeln. In der Aula stehen Büsten von Karl Rudolf Bromme, Albrecht von Stosch, Rolf Johannesson, Dieter Wellershoff, Adalbert von Preußen und Alfred Kranzfelder.
Der Bootshafen der Marineschule Mürwik wurde zeitgleich mit dem Bau der Marineschule erstellt und befindet sich unterhalb der Freitreppe. Er ist Liegeplatz für Motor- und Segelboote, die für die seemännische Ausbildung benötigt werden.
Seit den 2000er Jahren lag die Gorch Fock mehrfach im Bootshafen, der sozusagen ihren "Kommandohafen" darstellt. Zu Vereidigung der Marineoffizieranwärter, die alljährlich um den 20. Juli, dem Tag des Widerstandes gegen Hitler, auf der Admiralswiese oberhalb des Bootshafens stattfindet, ist es heute Tradition, dass die Gorch Fock anwesend ist. An Besuchertagen, beispielsweise dem Tag des offenen Denkmals oder dem Tag der offenen Tür, der mehrmals im Jahr ausgerichtet wird, werden beim Bootshafen zumeist kurze Pinassen-Rundfahrten angeboten.