Nach dem 3. Mai 1945 war die Marineschule Mürwik kurzzeitig Teil des Sonderbereichs Mürwik. Die angrenzende Marinesportschule diente am Ende des Weltkrieges und des Dritten Reichs der geschäftsführenden Reichsregierung unter Großadmiral Karl Dönitz als Regierungssitz.

Am 14. Mai 1945 kam es zu einem Zwischenfall, bei dem der Kommandeur der Schule Kapitän zur See Wolfgang Lüth von einem Wachsoldaten erschossen wurde. Am 18. Mai 1945 wurde die Schule von alliierten Soldaten nach SS-Angehörigen durchsucht. Am 23. Mai 1945 besetzten die Alliierten den Sonderbereich Mürwik und verhafteten die Regierung Dönitz.

Die Marineschule wurde von den britischen Besatzungstruppen anschließend demilitarisiert und zum Teil leergeräumt. So kamen Modellschiffe, Gemälde und die kaiserlichen Flaggen, die sich beim Haupteingang der Marineschule befanden, ins National Maritime Museum in Greenwich, London. Weitere Gegenstände gelangten offenbar in den Fundus des Regimentsmuseums der King's Shropshire Light Infantry nahe London.