Die Stadt Flensburg baute in Eigenregie einen elektrischen Straßenbahnbetrieb in der nach wie vor wachsenden Stadt auf. Die erste meterspurige und zweigleisige Straßenbahnlinie folgte der alten Pferdebahntrasse zwischen Apenrader Straße und Hafermarkt und nahm am 6. Juli 1907 ihren Betrieb auf.
1911/12 folgten die Linien 2 und 3. Erstere verband die Marienhölzung mit dem Kreisbahnhof und kreuzte die Stammstrecke in der Rathausstraße.
Letztere benutzte die Strecke der Linie 1 mit und fuhr in Richtung Nordosten bis zur neuen Marineschule Mürwik. Gleichzeitig wurden die Linien 1 und 3 in der Apenrader Straße bis zur Glashütte verlängert.
1925 wurde die Linie 4 nach Glücksburg eingerichtet, die zum großen Teil auf der Trasse der Kreisbahn verkehrte und damit den Charakter einer Überland-Straßenbahn annahm.
1927 wurde das südliche Ende der Linie 1 zum neuen Bahnhof verlegt. Im Norden fuhren die Linien 1 und 3 über die Glashütte hinaus zum Ostseebadweg. Damit war das Netz 18 Kilometer lang und bestand aus vier Linien.
In den frühen 1950er Jahren wurde der Wagenpark mit sieben Triebwagen und acht Beiwagen vom Verbandstyp erneuert.
Der Beschluss, die neuen Wohngebiete im Osten nicht mit der Straßenbahn zu erschließen und die Linie 3 entlang der Mürwiker Straße nicht zu modernisieren, musste zwangsläufig zum baldigen Ende der Straßenbahn führen. 1957 erfolgte die Einstellung der Linie 3, die ebenso wie der Obus auf Linie 2 durch Dieselbusse ersetzt wurde.
Die Erinnerungen an die Flensburger Straßenbahn blieben noch lange in der Bevölkerung lebendig. In einem alten Rätselreim zum Nordertor wird noch erwähnt, dass die Straßenbahn ums Gebäude herumfuhr.
Im Stadtteil Mürwik, an der stark frequentierten Mürwiker Straße, befindet sich an einem Haus eine Wandmalerei mit der Straßenbahn.