1950 wurde Mürwik eine selbständige Kirchengemeinde. Ihr Kirchengebäude wurde in den Jahren 1957 bis 1958 in der Nähe der Marineschule Mürwik nach Plänen der Hamburger Architekten Bernhard Hopp und Rudolf Jäger, errichtet und erhielt den Namen Christuskirche. Die Kapelle soll bald darauf abgebrochen worden sein, wobei das Gemeindehaus, das an deren Stelle errichtet wurde, heute noch Altbaubestände der Kapelle beherbergen soll.

Am 2. November 1958 fand die Kirchweihe statt. An den Baukosten von 630.000 DM hatte sich die Bundesmarine mit 250.000 DM beteiligt. Die Kirche fungierte und fungiert seitdem auch als Garnisonskirche des Stützpunktes Flensburg-Mürwik. Bis in die 1990er Jahre hatten viele in der Gemeinde Verbindungen zur Bundesmarine, die im Stadtteil Mürwik recht stark präsent war, was Einfluss auf das Gemeindeleben hatte.